En 1976, dieciocho países musulmanes con representación diplomática en España firmaron un acuerdo para erigir una mezquita en Madrid.
La administración y financiación está a cargo de la Muslim World League (Liga del Mundo Islámico), una ONG internacional financiado por el propio gobierno saudí y con sede principal en La Meca (Arabia Saudí) Actualmente, la dirección general de la liga en España, está a cargo del Jeque Imam Hussam Siddiq Khoja de Arabia Saudí.
La gerencia y dirección espiritual está a cargo del jeque Adil Mohamed Hachmi de Ceuta, que actúa también como responsable de asuntos religiosos y el imán principal.
Este, sin embargo, rara vez ha sido utilizado; en la España peninsular es extraño que haya almuédanos en las mezquitas.
Este alminar es el segundo construido en la ciudad en el siglo XX, ya que la Mezquita Central es anterior.