Fue fundada por el sultán alauí Moulay Abdallah, que está enterrado en la necrópolis adyacente junto con miembros posteriores de la dinastía.[1][2][3] La mezquita está situada en Fes Jdid ("Nueva Fez"), que originalmente era una ciudadela real y administrativa fundada en 1276 por la dinastía Meriní.[1] Fes Jdid albergó originalmente a muchas de las tropas del sultán y el palacio real hasta los tiempos modernos.[5]: 127 Según Henri Bressolette, la necrópolis existía ya en el siglo XVII, pero fue remodelada hasta su forma actual por Muhammad ibn Abd ar-Rahman a mediados del siglo XIX (antes de su ascenso al trono en 1859, mientras todavía servía como diputado de su padre Abd al-Rahman).[7][3] Sin embargo, sus sucesores inmediatos fueron enterrados en otros lugares: Mohammed III (m. 1790) [8] y Hasán I (m. 1894) en Rabat,[9] Al-Yazid (m. 1792) en las tumbas saadíes en Marrakech,[10] Abd ar-Rahmán (m. 1859) en el Mausoleo de Moulay Ismail en Meknes,[11] y Mohammed IV (m. 1873) en la casa ancestral alauita de Tafilalt.