El matrimonio de sus padres terminó cuando ella era niña, por lo que vivió junto a su madre.
Merkoúri se casó con Panagis Harokopos, un adinerado terrateniente, durante la Segunda Guerra Mundial y el dinero de su esposo la ayudó a sobrevivir la ocupación alemana del país.
El debut cinematográfico de Mercouri fue en el filme Στέλλα (Stélla), dirigido por Michael Cacoyannis.
El filme no ganó el premio, pero, en el Festival, Merkoúri conoció al director Jules Dassin, con quien contraería matrimonio en 1966.
Merkoúri se hizo muy popular internacionalmente cuando actuó en el filme de 1960 Nunca en domingo, dirigida por Dassin, por el cual obtuvo una nominación al Oscar a la mejor actriz.
Una de sus primeras canciones fue "Hartino to Fengaraki", escrita por Mános Chatzidákis y Nikos Gatsos.
Otras grabaciones de Merkoúri como "Athena ma Ville" y "Melinaki" fueron populares en Francia.
Durante los años que permaneció en Francia debido a la dictadura en Grecia, Merkoúri grabó cuatro álbumes, uno en griego y tres en francés.
Buscó y se reunió con políticos e intelectuales de renombre mundial para crear conciencia contra la junta.
En su expediente, publicado años después, entre otras cosas escribieron: "Recoged lo dicho sobre Merkoúri por los comunistas y especialmente por el partido KKE y que demuestre que su acción sirve a las aspiraciones del comunismo en Grecia.
Ese material debe usarse en cada oportunidad para abonar en el extranjero la creencia de que la actriz es comunista.
[6][7][8] Cuando la democracia fue reinstaurada, Merkoúri regresó y pasó a ser miembro del Parlamento por el PASOK (Movimiento Socialista Panhelénico).