Sin embargo, el Dr. Light pensó que podría tener algunos fallos en su sistema físico y también, que podría romper la primera regla de la robótica: Un robot jamás debe dañar a un ser humano.

Cien años después, un científico-arqueólogo llamado Dr. Caín, encontró el laboratorio del Dr. Light, y de entre los restos halló a X. Caín quedó tan impresionado con el androide, que al investigar cómo estaba construido, basándose en él creó a los Reploides (Replicas androides), que son androides parecidos a X que también piensan, razonan y sienten.

Tiempo después, fue descubierto Zero, un androide similar a X creado por el Dr. Wily, que tenía un problema.

También uno puede utilizar nuevas habilidades como el deslizamiento (moverse rápido para llegar a lugares lejanos), la posibilidad de usar las Ride Armors que permiten destruir rápido a los enemigos y poder caminar encima de la lava y picos.

Y de encontrar 4 o más cápsulas escondidas, que le dan a X piezas de armaduras que le ayudaran a realizar ataques más poderosos y mejorar sus habilidades.

Muchos años después, se les uniría Axl, un Reploide de la Red Alert.

Mega Man X utiliza los mismos principios básicos como sus precursores pero con muchas opciones añadidas.

Los Ride Armors son tanques bípedos capaces de dar golpes poderosos.

Algunos Ride Armors pueden volar o cancelar daños por lava mientras que otros poseen armas distintas.

Una excepción sería los antagonistas, como Vile, Sigma, y en el caso de X4, la Repliforce, que son humanoides.

Zero originalmente usa su "Z-Buster" pero es remplazado por un sable láser llamado "Z-Saber" desde X4 como arma exclusiva.