En el año 21XX, tras la tercera derrota de Sigma, dos grandes ejércitos Reploid existen para hacer frente a los Mavericks: Los Maverick Hunters y la Repliforce.
Después de esto, una misteriosa figura encapuchada se reúne con el General de la Repliforce para decirle que los Maverick Hunters los han considerado como una amenaza significativa y que deben rebelarse contra los humanos y los Maverick Hunters.
Poco tiempo después, la ciudad aérea Sky Lagoon es atacada y destruida por los Mavericks, haciendo que caiga sobre una ciudad que se encontraba debajo de ella, matando a millones de civiles, seres humanos y Reploids por igual.
El General se siente indignado por las sospechas y comienza un golpe de Estado para construir una nación solo para Reploids.
Jugando como X, se descubre que Double es un espía enviado por la figura encapuchada y debes luchar contra él.
Sin embargo, Sigma sobrevive en forma de virus en el espacio, y descubre Eurasia mientras intentaba regresar a la Tierra.
Lit. ciertamente tengo un amor invencible) y One More Chance, ambas interpretadas por Yukie Nakama.