Solo en la última entrega es posible alterar el clima de las 8 misiones vistas como un mapa que no estaba presente en los demás juegos y la última base de resistencia es un campamento recién armado.

[2]​ Las cápsulas verdes con cristal rojo que sueltan los enemigos al ser eliminados recuperan HP y las azules son los E-Crystals (cristales de energía o EC), que es dinero del juego.

Como novedad, los 4 juegos presentan un nuevo sistema de ciberelfos,[3]​ divididos en recuperación, animal y hacker.

Algunos ciberelfos tienen uno o dos niveles para mejorarlos antes de usarlos y en las primeras 3 entregas requerían EC para hacerlo.

En la tercera entrega, es posible equipar 2 ciberelfos satélite, pero igual se deben sacrificar los ciberelfos fusión para activar sus poderes y algunos son mejorables más allá de los 2 niveles o cambian de fusión a satélite o vise-versa.

En la primera entrega, es posible cambiar de página entre menú principal, opciones y ciberelfos.

En opciones, se agregó una quinta tecla para soltar armas de la Z-garra y un interruptor para dash con doble flecha.

Enfurecido, Copy X tiene 2 recursos: se transforma en su forma final, Seraph Copy X, o si no funciona ese método, se autodestuye para destruir a Zero, pero Zero logra escapar a tiempo con un misterioso Ciber Elf.

Zero despierta en un desierto donde el espíritu que lo ayudó se revela como su antiguo compañero X, pero en una forma de Ciber Elf.

X le cuenta a Zero que cuando este se retiró, X tuvo que pelear mucho tiempo solo para obtener la paz, pero con el tiempo, los combates se volvían más crueles y el objetivo de ganar menos noble.

Como X ya no tiene un cuerpo físico para proteger este mundo, le deja esta tarea a Zero.

Un año después, Zero ha vagado por el desierto, peleando solo contra Neo Arcadia.

Sin embargo, Zero no cree que la situación se resuelva tan fácilmente, pero acepta ayudar en una serie de misiones.

En una de estas misiones, se encuentra con dos "Elfos Bebes", las cuales buscan a su "madre".

Ahora Zero deberá pelear tanto contra Elpizo y sus delirios de grandeza, como contra los Tres Guardianes, Harpuia, Fefnir y Leviathan, que tratan de dirigir a Neo Arcadia.

Finalmente, Elpizo logra llegar a Yggdrasil, donde se revela que el cuerpo del X original está escondido protegiendo en su interior al Elfo Oscuro, sellándolo.

El Elfp Oscura se torna blanco en un momento, y convierte a Elpizo en un Ciber Elf dándole así una segunda oportunidad de vivir, después el Elfo Oscuro desaparece junto con sus "hijos".

2 meses después de la batalla contra Elpizo, la Elf oscura sigue sin rastro alguno.

Copy X intenta transformarse a su modo Seraph, pero al hacerlo activa una bomba que Weil le había implantado, destruyéndolo de manera definitiva.

Zero piensa que los humanos están demasiado absortos en la vida fácil de Neo Arcadia como para defenderse por su propia cuenta.

En ese momento, X aparece para revelar una verdad aún más profunda: durante las Guerras Elfs, después de derrotar una vez a Omega, Zero debía ser reparado por lo cual su conciencia fue movida a un cuerpo de soporte.

Ahora que X y los Guardianes ya no pueden interferir, Zero debe una vez más enfrentarse a Neo Arcadia para defender a los humanos, pero estos están cansados de la existencia de los reploides, pues ellos creen que los reploides solo generan guerras, debido a esto, ellos no confían en Zero ni en la Resistencia.

Al final, todo se revela como una gran distracción que tiene como propósito permitir al Dr. Weil reorientar y terminar una plataforma espacial llamada "Ragnarok", la cual disparará contra Area Zero y con ello destruirá la Resistencia, humanos, reploides y a Zero, dejando a Weil como líder indiscutible, no sin antes programar esta plataforma para que se estrellara contra la Tierra.

Craft se rebelará ante Weil pues piensa que tal manera de pensar no es la correcta para controlar a los humanos, redirigiendo el cañón a Weil y Neo Arcadia, pero, aunque Zero logra detener a Craft, Ragnarok ya había sido disparado y destruye Neo Arcadia por completo.

Finalmente, Zero encuentra a Weil quien le revela que como es un androide modificado para vivir por siempre, no puede morir; el ataque a Neo Arcadia no le afectó.

La historia termina con la imagen del casco roto de Zero en el suelo.