), es un videojuego creado por Keiji Inafune, desarrollado por Inti Creates, distribuida por la compañía Capcom para la consola Game Boy Advance en 23 de abril del año 2004 solo en Japón.

Zero se dirige para la zona de la nave, mientras escucha una voz que lo llama.

Copy X intenta transformarse a su modo Seraph, pero al hacerlo activa una bomba que Weil le había implantado, destruyéndolo de manera definitiva.

Zero piensa que los humanos están demasiado absortos en la vida fácil de Neo Arcadia como para defenderse por su propia cuenta.

En ese momento, X aparece para revelar una verdad aún más profunda: durante las Guerras Elfs, después de derrotar una vez a Omega, Zero debía ser reparado por lo cual su conciencia fue movida a un cuerpo de soporte.

A diferencia del juego anterior, no es necesario "gastar" un Cyber-Elf para obtener su habilidad especial; si algunos Cyber-Elf son alimentados lo suficiente, se convertirán al modo "Satélite", en el cual dos de ellos pueden ser equipados temporalmente a Zero para obtener sus efectos, sin necesidad de sacrificarlos.

De acuerdo con el libro oficial, los Guardianes murieron en la explosión del cuerpo de Omega al proteger a Zero, por lo cual no aparecen en Mega Man Zero 4.

La versión japonesa de este juego se puede alterar gráficamente mediante las cartas e-Reader, 80 en total.

En las versiones norteamericanas y europeas solo se accede a los efectos de esas cartas vía cheat.