El juego posteriormente fue llevado a la PC en Japón, Corea del Sur y Europa.

Lúmine, el director en jefe de dicho proyecto, es secuestrado por Vile V , por lo que los Hunters deberán volver a combatir contra 8 Mavericks.

Al final X , Zero y Axl confrontan a Sigma (en un estado incompleto pero funcional) el cual afirma que la razón por la que los nuevos réploids tienen su aspecto es porque pretende invadir la tierra junto con sus "niños", Sigma es derrotado y los Hunters consiguen rescatar a Lumine.

Lumine invita a X a gobernar la tierra junto con él, pues afirma que solo un Reploid tan sabio como el (recordando que X es el primer Reploid del mundo) para gobernar la tierra, un mundo utópico donde al ser los únicos líderes no habría más conflictos; y aunque X se ve tentado por la oferta, gracias a Axl se rehúsa, finalmente Lumine emergerá con la forma de un Ángel para terminar con ellos.

Los enemigos eliminados dejan caer metales, el dinero del juego, lo cual es usado para comprar objetos consumibles, reintentos o mejoras para X, Zero y Axl.

Otra mecánica que fue agregada es el rompe-guardia, en donde los jugadores rompe los escudos enemigos si son atacados con armas específicas.

El BGM y los efectos, para ahorrar espacio en disco duro, son creados en formato OGG Vorbis.