En el año 2005 se hizo un remake como parte de Mega Man Maverick Hunter X para PlayStation Portable y también como parte de Mega Man X Collection para Nintendo GameCube y PlayStation 2.

Caín decide duplicar a X y, dentro de varios meses, se completa la primera "replica androide" o "Reploid", un robot que puede pensar, sentir, aprender y crecer exactamente como un ser humano.

A medida que la protesta pública contra los pocos incidentes Maverick se vuelve demasiado grande para negar, los gobiernos intervienen, y bajo el asesoramiento del Dr. Cain, forma una organización de policía militar de élite llamado el "Maverick Hunters".

Los cazadores son contratados para capturar o deshabilitar a los Reploids que representan una amenaza para los seres humanos, proporcionar un control de daños en levantamientos Maverick, ayudar con la recuperación de desastres, y realizar otras tareas según sea necesario.

Para dirigir este grupo, Caín diseña un Reploid muy avanzada, piensa que es inmune a cualquier defecto hacia los Mavericks.

Sigma hace con el control de una pequeña isla, expulsando a todos los ocupantes humanos.

En el interior del compuesto, X encuentra que Zero ha sido capturado por Vile.

Otra batalla comienza, terminando similar a su primera reunión con X en la misericordia de Vile.

Impresionado sobre el sacrificio de Zero, X recupera su fuerza y remata a Vile.

Ahora más determinado que nunca, X lucha su camino a Sigma, destruye el líder rebelde, y escapa a la fortaleza de la isla, ya que explota y se hunde.

Mega Man X utiliza los mismos principios básicos como sus precursores pero con muchas opciones añadidas.

en iOS y Android, debido a que utilizaron el motor del primer Mega Man).

Al subir la torre, se encuentra los jefes finales en orden: En 1993, la versión de Super NES salió al mercado y posteriormente fue portado por Rozner Labs para PC en 1995, en donde incluye un gamepad de 6 botones.

Esta versión tiene los idiomas japonés, inglés, francés, español y las dos variantes de chino.