Forma parte de Mega Man X Collection para Nintendo GameCube y PlayStation 2.

En ese tiempo Gate era más inteligente que Alia, pero ella tenía éxito porque hacia las cosas diligentemente, tal como era ordenada.

Después de esto ocurren varios finales: El juego es muy similar a Mega Man X5.

El jugador puede seleccionar a X con la opción de añadirle armaduras y habilidades mediante cápsulas escondidas del Dr. Light.

Ambos personajes pueden ser equipados con diversas partes obtenidas después de rescatar a un reploid.