[1]​ Esta especie fue descrita originalmente en el año 1930 por el naturalista, arqueólogo, antropólogo, paleontólogo y geólogo argentino Carlos Rusconi,[2]​ con la combinación científica: Megactenomys kraglievichi, al crearle un género solo para ella, dado sus particularidades morfológicas.

[3]​ En el año 2004, Diego Verzi, Cecilia Deschamps y Eduardo P. Tonni sinonimizaron en C. kraglievichi otros taxones fósiles del género (Ctenomys dasseni longirostris Rusconi, 1931 y Ctenomys praderii Mones and Castiglioni, 1979).

El holotipo designado es el catalogado como: MACN 6457, consiste en un rostrum dañado, con ambos I1 y DP4 izquierdo.

[5]​ El término específico es un epónimo que refiere al apellido de la persona a quien le fue dedicada, el paleontólogo argentino Lucas Kraglievich, especialista en mamíferos fósiles.

[4]​ Ctenomys kraglievichi es un taxón peculiar, sobre todo por su gran tamaño (el que iguala a la mayor especie viviente del género: C. conoveri) y por la morfología de su cráneo y de sus incisivos, los que son procumbentes, con una larga porción extra-alveolar.