[3]​ En la época de Augusto normalmente se solían cremar los cadáveres y ubicarlos en pequeñas urnas en el interior del mausoleo.

[3]​ Según la historia tradicional, durante el Saqueo de Roma por Alarico en el 410, los visigodos asaltaron las criptas, robaron las urnas y esparcieron las cenizas, sin dañar la estructura del edificio.

[4]​ Platner y Ashby, sin embargo, declaran que «la historia del saqueo por Alarico no tiene base histórica y no sabemos nada de su destrucción».

[5]​ A finales del siglo X, el mausoleo se encontraba en gran medida enterrado bajo tierra y habían crecido árboles sobre él, llegando a ser referenciado como Mons Augustus (Monte Augusto).

Una leyenda de la época se refiere a un supuesto decreto en el que Augusto indicaba que se lanzara tierra de cada provincia del Imperio romano sobre su tumba, para que pudiera descansar sobre todo el terreno conquistado.

En la cima del mausoleo se construyó una capilla dedicada al arcángel Miguel, mientras que a su lado se encontraba la iglesia de Santa Maria in Augusto, más tarde transformada en San Giacomo degli Incurabili.

Las medidas de seguridad se consideraron inadecuadas y fue clausurado en 1907, siendo utilizado por la monarquía italiana para diseñar los bocetos del futuro Monumento a Víctor Manuel II.