En el año 1654 es presentado por el rey Felipe IV para cubrir la vacante producida en la archidiócesis de México.
Don Mateo es nombrado Arzobispo de México por el papa Bonifacio VII en el año 1655, pero no viaja hasta la sede episcopal hasta el año siguiente.
En México a pesar de que desempeña una importante función pastoral, mantiene una pésima relación con el virrey de España en México, Alburquerque, porque Don Mateo proclamara unos edictos en contra del contrabando del pulque (un tipo de bebida) y por otras cuestiones referentes a los nativos, eso hace que entable contenciosos tanto con el virrey como con ciertos estamentos eclesiásticos.
Con motivo de esos contenciosos el rey le manda regresar a la corte, en el año 1661, y a principios de 1662 Don Mateo debe rendir cuentas ante el Consejo de las Indias, del que resulta bien parado, estrechando la relación con el monarca Felipe IV.
Una vez terminadas las obras Don Antón se convierte en el primer partrono regidor de la Obra Pía que permanece en uso hasta el siglo XIX.