Las masacres de prisioneros por la NKVD fueron una serie de ejecuciones en masa, llevadas a cabo por la NKVD, sucesora de la Checa, durante la Segunda Guerra Mundial, contra presos políticos, en toda Europa del Este, sobre todo Polonia, Ucrania, las repúblicas bálticas, Besarabia y otras partes de la Unión Soviética, a medida que el Ejército Rojo se retiraba tras el ataque nazi alemán contra las posiciones soviéticas en la Polonia ocupada y la propia Unión Soviética, conocido como la Operación Barbarroja.

El comienzo de la Operación Barbarroja sorprendió a la NKVD, cuyas cárceles en territorios anexionados por la Unión Soviética a raíz del Pacto Mólotov-Ribbentrop, estaban atestadas de presos políticos.

Cuando los familiares de los detenidos penetraron en las cárceles después de la evacuación soviética, quedaron horrorizados al encontrar los cuerpos tan gravemente mutilados que muchos no pudieron ser identificados.

[8]​[9]​ La mayoría de ellos fueron presos políticos, encarcelados y ejecutados sin juicio.

[16]​ Timothy Snyder estima que la NKVD fusiló a unos 9817 ciudadanos polacos encarcelados a raíz de la invasión alemana de la URSS, en 1941.