[10]​ Los abuelos maternos eran el teniente de gobernador general Pedro Álvarez Holguín[3]​ y la princesa incaica[11]​ Beatriz Túpac Yupanqui[12]​ (n. ca.

1521), la cual era una hija del efímero primer soberano inca Túpac Hualpa[11]​ (n. ca.

1500) que estuvo bajo el dominio del Imperio español, además de ser la prima de la mestiza Francisca Pizarro Yupanqui, sobrina de Inés Huaylas Yupanqui y de los sucesivos IV y V emperadores incas Huáscar y Atahualpa, nieta del III emperador Huayna Cápac y por lo tanto, una bisnieta del II emperador Túpac Yupanqui.

[19]​ La efímera Santiago del Puerto había sido erigida en 1590 por el otro exgobernador cruceño Lorenzo Suárez de Figueroa, en un sitio intermedio entre el río Guapay y Santa Cruz la Vieja —la cual estaba cercana a la posterior misión de San José de Chiquitos de 1697— pero finalmente a mediados de 1604 San Francisco fue trasladada a un lugar intermedio entre Cotoca y el referido río,[19]​ aunque en este nuevo sitio todavía asolada por los ataques aborígenes, seguía necesitando una ayuda urgente.

[18]​ En la citada expedición lo acompañaron los capitanes Gregorio Jiménez, Antonio Luque y Juan Manrique de Salazar, y una vez socorrida la dicha ciudad, estos dos últimos solicitaron al gobernador Almendras continuar con la labor conquistadora, pero se les fue denegado.

[22]​ En el año 1615 el gobernador Almendras afirmó que los aborígenes chiriguanos aprovechaban la paz establecida con ellos para tratar de despoblar la gobernación cruceña, porque se llevaban a los amerindios de servicio.