Se ordenó como sacerdote en 1911[1]​e ingresó a la Congregación del Verbo Divino, dirigida por el padre Wilhelm Schmidt, quien fundó la revista Anthropos originándose así un Instituto especializado de cuyo seno surgieron conocidos hombres de ciencia etnológica, antropológica y lingüística como Wilhelm Koppers, Paul Schebesta y el mismo Martín Gusinde.

En 1918 decidió realizar su primer viaje de campo a Tierra del Fuego.

En 1919 se trasladó a la Misión Salesiana de Río Grande, donde lo recibió el Padre Zanchetta.

Halló en la región un esqueleto y pocos selk'nam vivos, ya que el grupo había sufrido un severo exterminio durante las últimas cuatro décadas,[1]​ Realizó, asimismo, una visita a la Misión Salesiana del Padre Zenone ubicada en Río Fuego en la Estancia Viamonte.

Aquí encontró aproximadamente 216 Selknam y visitó en el Lago Fagnano un grupo pequeño de otros 29 miembros.

Más tarde Gusinde regresó a Santiago para continuar con la docencia en el Colegio Alemán.

Ambos fueron admitidos y se les permitió realizar por primera vez dibujos.

En abril de 1923 viajó a caballo al pequeño campamento selk'nam del Lago Fagnano.

Luego se trasladó a Puerto Ramírez en el Canal Smith.

En 1931 se publicó el primer volumen de su monumental obra Feuerland indianer.

Gusinde dejó una completísima obra sobre las poblaciones aborígenes de Tierra del Fuego a la que se le reconoce un importante valor etnográfico.

[2]​ Sus escritos exponen con gran rigor, no sólo las costumbres, y la cultura material de estos pueblos, sino el rico mundo espiritual, constituido por sus creencias, ritos y relatos.