Después de la represión del levantamiento, viajó a Atenas, donde fue detenido.
Comenzó lo que se convertiría en el trabajo clandestino contra la ocupación alemana, en un principio en Creta, más tarde en Atenas, Tesalónica y finalmente toda Macedonia.
En octubre de 1946, cuando se fundó la Comandancia General del Ejército Democrático Griego (DSE),[2] Vafiadis asumió su liderazgo, y en diciembre de 1947 fue nombrado primer ministro y ministro del Gobierno Provisional Democrático Guerra.
[3] Se casó con una obrera rusa, Zina, con quien tuvo un hijo, Vladimir.
[5] Sin embargo, nuevos desacuerdos con la dirección del partido lo llevaron a su separación del cargo en enero de 1958 y a su segunda expulsión en junio de 1964.
En abril de 1990, fue elegido honoríficamente en el Parlamento griego por la lista nacional del Movimiento Socialista Panhelénico (PASOK).