Además fue un estudioso de la literatura española y comparada, tanto en su vertiente histórica como teórica.

Para su trabajo, que versó sobre «El cuento español en el siglo XIX», se nutrirá en las bibliotecas madrileñas y en la Biblioteca Menéndez Pelayo de Santander, cuyo rico fondo tanto contribuyó a la exhaustividad y seriedad de su estudio.

Residiendo en principio en el Colegio Mayor -en el que coincidiría con el también recién catedrático Tierno Galván-, Baquero Goyanes no abandonará esta ciudad, en la que contraerá matrimonio y en donde impartirá clases de manera ininterrumpida a multitud de estudiantes.

En 1953, dentro de la Cátedra Saavedra Fajardo, crea la revista Monteagudo, hoy ya en su tercera época.

Junto a los estudios sobre escritores clásicos de la literatura española aparecen otros relacionados con los géneros literarios y sus técnicas narrativas.

[1]​ No hay en la filología española nadie comparable en su dedicación tan completa a la novela y los géneros afines como Mariano Baquero Goyanes.

El pensamiento sobre la novela de Baquero se apoya en tres fuentes: la influencia de Ortega, su dedicación a la novela y el cuento español en el siglo XIX y un espíritu cervantino.