En 1946 entró en la Juventud Libre Alemana (FDJ), demostrando habilidades de liderazgo, por lo cual asumió como secretaria de la junta directiva del FDJ en Halle.En 1950, a los veintidós años, obtuvo un escaño en la Cámara Popular, convirtiéndose en la parlamentaria más joven de la República Democrática Alemana.En marzo de 1991, los Honecker se exiliaron en Moscú para evitar ser juzgados por los asesinatos y muertes de las personas que intentaban huir del país.[2] En 2000, Luis Corvalán, el antiguo secretario general del Partido Comunista de Chile, publicó el libro La Otra Alemania, la RDA.En 2012 Margot Honecker rompió su silencio y dio una polémica entrevista al canal de televisión alemán ARD, en la cual defendía el régimen de la RDA y el Muro de Berlín, diciendo respecto de quienes murieron intentando escalarlo que «no necesitaban saltar el Muro y pagar con sus vidas por hacer esa tontería».
