Sus abuelos maternos fueron Felipe el Atrevido, duque de Borgoña y Margarita III, condesa de Flandes.

Margarita se casó primero con Luis, duque de Anjou, el rey titular de Nápoles.

No tuvieron hijos, y él murió en 1434.

En 1445, Margarita se casó en segundas nupcias con el conde Luis IV del Palatinado.

Margarita se convirtió en condesa palatina del Rin a través de esta alianza.