Se casó en 1363 con el rey Haakon VI Magnusson de Noruega y Suecia.

[5]​ Pronto demostró sus virtudes como consejera de su esposo, mucho mayor que ella, aun en los asuntos del Estado.

Mediante la negociación con Margarita, esta pudo ser reconocida como señora del ducado de Schleswig.

Así, Margarita se convirtió en reina con poder absoluto, hasta que ella y el pueblo eligieran un nuevo rey.

Asegurada la frontera danesa en el sur gracias a la paz con Holstein, Margarita echó a andar sus pretensiones sobre Suecia, aprovechando el descontento de campesinos y varios nobles suecos hacia el rey Alberto.

En 1388 Margarita entabló una alianza con los nobles suecos descontentos con el gobierno opresor del rey Alberto, mediante la cual los nobles le prometieron la regencia del reino a cambio de que Margarita liberara a Suecia de los alemanes y la anarquía reinante durante la larga guerra civil.

Margarita decidió intervenir militarmente en Suecia, aunque no hay datos históricos sobre si su ejército se constituía principalmente de suecos o daneses.

Alberto intentó burlarse de la reina, llamándola, entre otras cosas, "el rey sin pantalones", y llegó a enviarle una lima para que se afilara las uñas.

Finalmente, Margarita llegó a un acuerdo con Alberto (pacto de Lindholm, 1395), en el que sirvió de mediadora la Liga Hanseática; para que Alberto fuera liberado, este debía pagar una alta suma de dinero en un plazo no mayor a tres años, mientras que la Liga Hanseática tomó Estocolmo en prenda.

Margarita no estuvo del todo convencida, pues ella quería la unión total de Escandinavia, pero aceptó.

A los dieciocho años, Erik fue declarado en edad de reinar, pero Margarita continuó siendo la gobernante verdadera hasta su muerte, al tiempo que le otorgó al joven rey algunos asuntos del gobierno.