En 1991 por decisión del partido (específicamente de Alfonso Guerra, según del Valle[2]​) no fue candidato en las elecciones municipales, siendo el cabeza de lista por el PSOE Luis Yáñez, el cual pese a ser el candidato más votado no consiguió la alcaldía.

Su sucesor en la jefatura municipal fue Alejandro Rojas Marcos del Partido Andalucista.

A partir de esta fecha Manuel del Valle continuó como político pero pasó a un segundo plano dentro de su partido.

En 1984 comenzó la elaboración del nuevo PGOU (Plan general de ordenación urbana) muy necesario, si tenemos en cuenta que el anterior databa de 1964 y prácticamente no se había llevado a la práctica salvo en una mínima parte.

Las obras del Metro comenzadas en los años 70 se paralizaron durante un larguísimo periodo, por no considerarse adecuado el antiguo proyecto en el que las líneas debían llegar al mismo centro de la ciudad en Plaza Nueva pasando para ello bajo la Catedral.