Después de que terminó su mandato, ha combinado las actividades académicas con otros compromisos.

De 1987 a 1990, se desempeñó como asesor del presidente Barco para asuntos jurídicos, constitucionales y políticos.

[3]​ Fue ponente de varias sentencias que han tenido un alto impacto en el área respectiva.

[cita requerida] Entre los casos que asumió Cepeda como abogado están también: la Emergencia Invernal, la Reforma a la Justicia, el fuero militar o la ley estatutaria del derecho fundamental a la salud.

Lo más importante, según su opinión, es que el derecho responda a la realidad de las personas y la sociedad.

Esto riñe con el tradicional formalismo del derecho colombiano, razón por la cual sus opiniones son en ocasiones criticadas por sectores tradicionales o conservadores de la academia o la política del país.

[4]​ Cepeda, clave en el proceso de construir el acuerdo de justicia fue también clave para explicar sus alcances y aclarar, por ejemplo, que no se había negociado la forma de juzgamiento a los expresidentes, un tema que tomó relevancia cuando el fiscal propuso que el nuevo tribunal pudiera juzgar a Álvaro Uribe.

En esa condición, orientó junto con el Agente Carlos Gustavo Arrieta el equipo que condujo a dos fallos favorables para Colombia.