Su carrera inició como empresario, después presidiendo diversos órganos empresariales a nivel nacional entre ellos la Asociación de Agricultores del Río Culicán (AARC), la Confederación Patronal de la República Mexicana (COPARMEX) y el Consejo Coordinador Empresarial (CCE).
Leticia María, Manuel Jesús, Eric Enrique, Rebeca, Tatiana, Cid Esteban, Juan Pablo, Lorena, Lucía, Irene y Ricardo, algunos de ellos han incursionado en política.
Tras la elección del 6 de julio de 1988 y un proceso electoral altamente controvertido y cuestionado con lo que comúnmente se conoce como "la caída del sistema", los resultados oficiales dieron el triunfo al candidato priista, Carlos Salinas de Gortari.
A este acto asistió con una comitiva de manera pacífica únicamente a recordarle al entonces presidente que cumpliera su palabra, y sacó un cartel que decía justo eso mientras lo encañonaban.
El 12 de febrero de 1989 presentó a su gabinete alternativo (un "gabinete en la sombra", al estilo inglés, para vigilar las acciones gubernamentales en áreas importantes) en el que participaron Diego Fernández de Cevallos, Jesús González Schmal, Fernando Canales Clariond, Francisco Villarreal Torres, Rogelio Sada Zambrano, María Elena Álvarez Bernal, Moisés Canale Rodríguez, Vicente Fox, Carlos Castillo Peraza y Luis Felipe Bravo Mena.
Clouthier fue el coordinador del gabinete hasta su muerte.