Derrotada las líneas defensivas peruanas y ocupada Lima por los chilenos, estos emprendieron una tenaz persecución contra Cuadros, que logró escapar dificultosamente, refugiándose en las montañas de Huánuco.

Luego se unió a la resistencia que encabezaba el general Andrés A. Cáceres en la sierra.

Finalizada la guerra, fue designado alcalde de Chorrillos, cuya reconstrucción empezó.

El presidente Cáceres lo envió a Europa con la misión de seleccionar y comprar el armamento idóneo para el ejército.

Contrajo matrimonio en 1877 con María Pflucker de cuya union nacen seis hijos