Hijo de Vicente Bertrán de Lis Thomas,[1]​ asentista liberal dueño de una importante tahona, que emigró a Francia en 1823.

Fue con su padre en su exilio por Bélgica, Francia e Inglaterra, regresando a España con la Ley de Amnistía, durante la Regencia de María Cristina de Borbón.

Manuel se integró en la función pública y en 1845 logró ser elegido diputado por Córdoba como suplente.

En 1847 fue nombrado ministro de Marina y después de Hacienda, con Narváez.

En una Semblanza de 1850 publicada en Madrid, se dice de Bertrán de Lis: "llegó a ser Ministro de Hacienda como por ensalmo y quiso adoptar los medios oportunos para hacer reformas necesarias que no pudo llevar a cabo, porque la confusión y el desorden son patrimonio exclusivo de la gente de la situación, aficionada al embrollo y al río revuelto".