Barros además tuvo que enfrentar la rebelión contra la alcabala, impuesto decretado por Felipe II con el fin de recaudar más ingresos para la Corona, puesto que debía enfrentar varias guerras religiosas.

En esa época Quito tenía tres oidores, y el fiscal Miguel de Orozco residía en las llamadas Casas Reales Viejas.

[1]​ La presidencia de Barros se caracterizó por su preferencia por los indígenas, según cuenta González Suárez.

Sin embargo, por estas épocas se estaban llevando este tipo de reformas en los territorios españoles.

Algo similar había emprendido el presidente Antonio González y el oidor Miguel de Ibarra en otros territorios.

Esta medida fue impuesta por Felipe II y se enfocó en el Virreinato del Perú.

Barros por su parte pediría tropas para encuartelarse y recibiría unos trescientos soldados enviados por el virrey.

Esto sin embargo se concentró en Quito puesto que Guayaquil y Cuenca ya habían aceptado la Alcabala.

Un ex esclavo suyo fue parte del juicio y declaró haber sido incitado a prácticas sodomíticas, algo que fue utilizado por sus enemigos, se desconoce si Marañón hizo uso de ello, para enjuiciarlo y desterrarlo.