Estando en prisión junto a sus compañeros del Movimiento 14 de Junio, su esposa Minerva y sus hermanas Patria y María Teresa fueron salvajemente asesinadas por agentes del Servicio de Inteligencia Militar.

Encontrándose prisionero en la Cárcel de Puerto Plata en 1960, su esposa Minerva Mirabal fue asesinada, junto a otras dos hermanas por miembros del Servicio de Inteligencia Militar (SIM), cuando venían de visitarle a la cárcel.

Al finalizar la dictadura, con la muerte de Rafael L. Trujillo en 1961, Manuel Tavárez Justo fue excarcelado, procediendo de inmediato a dirigir la lucha contra los remanentes de la tiranía y a reorganizar su agrupación política, la que convirtió en el Movimiento Revolucionario 14 de Junio.

El 21 de diciembre Manuel Aurelio Tavárez Justo fue fusilado en la sección Las Manaclas San José de las Matas en la cordillera central.

Sus restos descansan junto a las hermanas Patria, María Teresa y su esposa Minerva Mirabal en el "Mausoleo Hermanas Mirabal" en la Casa Museo que lleva el mismo nombre, declarado extensión del Panteón Nacional en el año 2000 en Salcedo.