Panamá cuenta con una gran riqueza hídrica, la cual ha contribuido a su desarrollo económico y social.

Sin embargo, en total, Nicaragua, Panamá y Costa Rica son los países que presentan la mayor disponibilidad hídrica de la región en el mismo orden: 195.238, 156.259,1 y 118.719,9 millones de m³ por año; y Belice, presenta el menor capital hídrico total que se estima en 15.257,5 millones de m³ por año.

Las inundaciones, especialmente del río Chagres, constituyeron un serio problema para su construcción.

Randolph fue el ingeniero diseñador de esta represa que se encuentra a 250 pies sobre el nivel del mar.

[15]​ Los 35 sistemas digitales en uso en la cuenca medían y marcaban los registros en cintas cada 15 minutos.

[15]​ Para 1981, todas las estaciones de precipitación pluvial y las que hay en los ríos y lagos de la cuenca transmitían automáticamente por telemetría cada 15 minutos informes hidrológicos tomados por los registros digitales al terminal en Balboa Heights.

La estación seca normalmente comienza alrededor de diciembre y tiene una duración de aproximadamente 4 meses, mientras que la estación lluviosa cubre el resto del período (8 meses).

[19]​ Las estaciones localizadas en la cuenca del Lago Madden generalmente reportan un promedio anual de precipitación mayor que el reportado por las estaciones localizadas en el área aguas abajo de la represa Madden.

Sin embargo, tiende a provenir del noroeste con una velocidad promedio de aproximadamente 12,9 km/h (8 mph).

Empezando alrededor de mayo, la escorrentía comienza a aumentar hasta octubre y noviembre, normalmente los meses de máxima escorrentía, y disminuye gradualmente durante la estación seca.

Por lo tanto, la escorrentía bruta que logra almacenarse en los lagos es solo el 59 %, o sea 1.535 mm (60 pulgadas), de la precipitación anual estimada.

La más pequeña de estas regiones es la subcuenca del lago Miraflores, ubicada hacia el extremo sur de la Cuenca, hacia donde drenan ríos cortos como: Cocolí, Grande, Camarón y Cárdenas.

[18]​ La mayor región hídrica es la del lago Gatún, que ocupa la parte central y oeste de la Cuenca.

[18]​ Hacia el Gatún drenan los ríos Gatún, Cirí Grande, Trinidad, el curso medio del Chagres, y otros ríos menores como Caño Quebrado, Los Hules, Pescado, Paja, Baila Monos, Agua Salud y Mandinga.

[21]​ Por otro lado, durante el período 1981-1994, los ríos que contribuyeron con la mayor cantidad de sedimentos fueron Boquerón (870 ton/km²/año), Pequení (664 ton/km²/año) y Chagres (255 ton/km²/año).

[19]​ Por un lado, con la cercanía a la estación seca sería ideal mantener los niveles de los lagos en su máxima elevación posible.

El agua almacenada se utilizaría plenamente durante los meses de verano y se garantizaría el calado de 12,04 m (39,5 pies) a las embarcaciones durante todo el año.

[19]​ Sin embargo, históricamente se ha encontrado que durante los últimos meses de la estación lluviosa pueden ocurrir - y en efecto, han ocurrido - las máximas inundaciones en el área del Canal.

[19]​ Por lo tanto, los hidrólogos necesitan mantener una reserva o espacio vacío en los lagos y reaccionar inmediatamente de manera tal que se pueda manejar una inundación severa y que los posibles daños causados a las instalaciones del Canal de Panamá sean limitados.

En este sistema se colecta información horaria sobre temperatura del aire, temperatura de rocío, dirección y velocidad del viento, presión barométrica, radiación solar, y precipitación pluvial.

[24]​ En general la calidad del agua en las estaciones de vigilancia en la Cuenca Hidrográfica del Canal de Panamá se encuentra, primordialmente, entre buena y excelente, calificando para diversos usos.

Si el Canal no participara vendiendo energía, los precios aumentarían, en promedio, aproximadamente US $7 por MW/hora, dependiendo del momento.

[30]​ La campaña del programa ha incluido 24 mensajes ecológicos, nueve videos, seis artículos de prensa, confección y distribución de materiales didácticos como láminas y trípticos.

En el programa Nuestro Canal y su Cuenca participaron 62 colaboradores de la ACP como instructores voluntarios.

Además esta Comisión fue reglamentada bajo el Capítulo VII del Acuerdo No.

Sin embargo, los aspectos ambientales empezaron a ser incorporados en la década de los setenta.

[30]​ A la fecha han sido ejecutados o están en ejecución 62 proyectos en la Cuenca del Canal por parte de diversas instituciones.

Un ejemplo fue publicado en la serie científica bianual del Programa Hidrológico Internacional (PHI) y la International Association of Hydrological Sciences (IAHS) de 2010: Hydrocomplexity: New Tools for Solving Wicked Water Problems.

Otro caso fue publicado a través del World Business Council for Sustainable Development (WBCSD), en donde la ACP comparte su experiencia acerca de la preservación de la biodiversidad en la cuenca del Canal.

[30]​ La cooperación científica internacional ha sido un elemento fundamental en la definición de políticas, planes, estrategias y acciones encaminadas a mejorar el manejo de cuencas hidrográficas en Panamá.