El color se debe a las cromoproteínas que contiene, tales como chlamiopsina, volvoxopsina u otros fotopigmentos.
Al microscopio electrónico, la mancha ocular aparece como una estructura lamelar altamente ordenada, formada por barras membranosas de disposición helicoidal.
[2] En Chlamydomonas, la mancha ocular forma parte del cloroplasto y toma la apariencia de un sandwich membranoso.
Los fotorreceptores encontrados en los organismos unicelulares caen en dos grupos principales: flavoproteínas y retinilidenes (rodopsinas).
La flavoproteínas se caracterizan por contener moléculas flavinas como cromóforos, mientras que las proteínas retinilidenes contienen retinaldéhido.