[3] El rey Carlos I le concedió el 16 de agosto de 1535 el Marquesado de Molina, elevando de esta manera el señorío familiar que los Fajardo ejercieron desde el siglo XIV en la villa de Molina de Segura, constituyendo una merced más por el trueque que su padre hizo al rey del señorío de la ciudad de Cartagena, que también les correspondía, título que los primogénitos de su casa utilizarían durante muchos años.[4][5] Además, en sucesión a su padre fue segundo marqués de los Vélez, señor de Mula, Librilla, Alhama y Benitagla, y ejerció el adelantamiento mayor y capitanía general de los reinos de Murcia, Granada y Valencia.[3] Tuvo una fuerte enemistad con Fernando Álvarez de Toledo y Pimentel, conocido como el Gran Duque de Alba.El 4 de mayo de 1561, llegado desde Mula al frente de las levas de sus señoríos en aquella población, Alhama y Vélez-Blanco, el marqués de los Vélez rechazó a las tropas enemigas, que tomaron sus barcos de vuelta a la Berbería al constatar el fracaso del ataque por sorpresa a la ciudad portuaria.[6][7] Participó también en la Guerra de las Alpujarras (1568-1571) contra los moriscos, donde rivalizó con el marqués de Mondéjar liderando 2000 infantes y 300 caballos.
Escudo de la familia Fajardo, a la que perteneció el personaje.
