Es desarrollando estas labores donde comienza a tomar conciencia de su vocación al sacerdocio.
Su principal preocupación al llegar fue compenetrarse con la realidad y los problemas del campesinado que constituía la mayor parte de su feligresía.
Defendió el derecho del campesino a organizarse libremente y denunciar con característica franqueza los abusos que se cometían.
Monseñor Vallejos dispone que Caritas entregue víveres para la olla común de los despedidos.
Ya por esa época se le comienza a llamar el "Monseñor de los Pobres", no existiendo lugar apartado o difícil acceso a donde no llegara a veces hasta en lomo de mula para llevar el mensaje de esperanza y fe que el sufrido pueblo necesitaba.
En una entrevista para el Instituto Pastoral Andino - IPA poco antes de su muerte declara: "Cuando el Santo Padre me pidió que viniera a Cuzco puse como condición solamente la salud, si la salud respondía yo estaría en Cuzco.