Fue hijo de José Santonja Sanjuan, nacido en Biar, y de Francisca María Luisa Crespo.

Fue padre de José María Santonja y Almella.

Su familia tenía grandes propiedades en Villena, Castalla y Campo de Mirra.

En 1844 se licenció en Derecho por la Universidad de Valencia y entró en política siguiendo a Leopoldo O'Donnell cuando fue elegido diputado provincial de la Unión Liberal por Villena (1858 y 1860) y diputado a Cortes Españolas en 1858 y 1863 por el distrito de Sax, y en 1865 por el de Alicante.

Fue benefactor del pintor Joaquín Sorolla.