Quizá por ello, hacia 1799 escribió una novela epistolar anticlerical que atacaba a la Inquisición, Cornelia Bororquia, al principio prohibida por la Inquisición e incluida en su famoso Índice, pero de amplísima difusión clandestina y muy reimpresa a lo largo del siglo XIX.

La novela apareció anónima, pero Mario Méndez Bejarano descubrió a su autor.

Como novela histórica, deja bastante que desear, a juicio de Juan Antonio Llorente: Cornelia Bororquia es una obra clave en la historia del anticlericalismo contemporáneo español, pues en esta novela Luis Gutiérrez hace una crítica en profundidad del clero, que va mucho más allá de la del resto de ilustrados españoles, poniendo en cuestión la posición predominante y privilegiada de la Iglesia católica en el Antiguo Régimen.

Todo ello sin abandonar su fe católica, que enlaza con la tradición jansenista española.

En estos planteamientos coincide en gran parte con Blanco White, el otro autor ilustrado pionero en el ataque directo al clero.