Sus otros hermanos fueron Domingo, XIII Conde de Teba; María Dominga; Ana María; Francisca Xaviera, monja; Ignacia de la Natividad, monja; y Margarita de la Cruz, también una monja.

Pariente por parte de madre del también Cardenal y Arzobispo de Toledo Luis Fernández Portocarrero (†1709) y del Arzobispo de Sevilla Luis Fernández de Córdoba Portocarrero (†1625), con los que a veces se confunde.

Más fuente de confusión son sus apellidos, que a veces se transcriben como Córdoba a secas; como Fernández de Córdoba Portocarrero; y también como Fernández de Córdoba Portocarrero Guzmán y Aguilar.

Estudió en el Colegio Mayor de Cuenca, perteneciente a la Universidad de Salamanca; y, más tarde, en la Universidad de Alcalá, donde obtuvo un doctorado en leyes.

A propuesta del rey Fernando VI, sería nombrado Cardenal en el consistorio del 18 de diciembre de 1754 por el papa Benedicto XIV.