[4] A los 59 años, dejó Cuenca y se instaló en Madrid, donde se relacionó con la élite cultural y política liberal de la época e inició una fuerte militancia ideológica.[5] Aguirre promovió unas escuelas para niños en Cuenca en la segunda mitad del siglo XIX y creó las Escuelas Aguirre de Siones, Cuenca y Madrid, está última en funcionamiento hasta 1971.[3] Aguirre abogó por una enseñanza para todos y luchó por el derecho de la mujer a la educación.[3] Planteó sus centros de enseñanza para que fueran útiles, con talleres en los que se preparaba y estimulaba al alumnado para la vida, evitando la disciplina de la represión y el autoritarismo.[1] Tras su fallecimiento, este testamento fue muy contestado y su legado pedagógico no llegó a completarte hasta principios del siglo XX.