Su gobierno en las islas, uno de los de más larga duración, estuvo marcado por abundantes pleitos con las autoridades locales.

Reclamó al Cabildo de Tenerife el dinero necesario para aumentar y completar las fortificaciones del puerto, y ante la imposibilidad del Cabildo de satisfacer las demandas del general, este embargó las rentas de los agricultores y revendió el grano confiscado a bajo precio hasta llevar a la ciudad a presentar concurso de acreedores.

A pesar de que las quejas dadas contra su gestión motivaron que la corte de Madrid le reconviniera, Villavicencio continuó llevando a cabo sus arbitrariedades: aumentó los impuestos al comercio portuario, desterró y apresó a destacados personajes de la vida pública canaria, subastó entre sus soldados el reparto del correo y consintió la libre circulación de moneda falsa, entre otros abusos de poder.

[3]​[4]​ Los numerosos informes desfavorables dados acerca de su gobierno motivaron que en 1732 Felipe V ordenara la formación de una Real junta de los negocios de Canarias para estudiar las quejas contra su persona.

En 1735 Villavicencio, relevado del cargo, regresó a Jerez, donde murió en 1741 a los 76 años de edad.