Al estallar la Guerra de la Independencia huyó a Zaragoza, donde estaba su primera esposa.

Sin embargo, en vista del caos y anarquía organziativa, propuso la formación de una Regencia que más tarde le perseguiría sin tregua con el pretexto de unas presuntas irregularidades en las cuentas de intendencia y fue encarcelado en 1810, prisión que duró unos meses; en 1811 fue apaleado por el teniente coronel Joaquín Osma tras una discusión política, lo que motivó las chanzas de Bartolomé José Gallardo en su folleto Apología de los palos.

En 1814 fue de nuevo perseguido por los "persas" y confinado en Coria (Cáceres); en 1815 pasó a Plasencia y luego a Talavera de la Reina.

Otra vez detenido en 1836, presentó desde la cárcel un Plan para acabar con la guerra civil que las Cortes estudiaron pero no adoptaron; fue liberado en febrero de 1837.

En 1849 contribuyó a la formación del Partido Progresista-Democrático, de tendencias republicanes y socializantes.