[6]​ Lizoáin pertenece a la serie de topónimos vasco-navarros que tienen una terminación en -ain.

Sin embargo lo dicho para la localidad casi homónima de Linzoáin puede valer también para este caso.

Con muchas dudas Caro Baroja sugería que el antropónimo Linteus se encontraba detrás del topónimo Linzoáin.

Generalmente estos topónimos con terminación -ain hacen mención a localidades que históricamente han sido modestas aldeas (aunque algunas de ellas como Ansoáin o Barañáin han crecido en los últimos años).

A este respecto, en euskera se hace la distinción entre Lizoain (pueblo) y Lizoainibar (valle).