El nombre de Lipica viene del esloveno lipa ("tilo"),[1] los cuales son comunes por la zona y un símbolo nacional en Eslovenia.
Desde el siglo XIV hasta 1947, Lipica fue parte del municipio de Trieste.
La granja fue establecida el 1580, cuando trajeron 24 yeguas y 6 sementales de raza española.
Fue trasladada de nuevo durante la Primera Guerra Mundial a Laxenburg primero, y luego a Kladruby nad Labem.
En los 60 la granja fue abierta al turismo, y en 1996 se convirtió en una institución pública de titularidad estatal.