El Palacio fue adquirido por la familia Habsburgo en 1333, y fue sucesivamente ampliado en el siglo XVII por Lodovico Burnacini y en el 1745 por la emperatriz María Teresa I dándole al interior un estilo rococó, en lo que se refiere a la nueva zona del palacio (Neues Schloss) Con posterioridad a 1780, se transformó el jardín del palacio en un jardín de estilo inglés, con varios lagos artificiales y en una isla el Franzensburg, castillo construido por orden del emperador Francisco I, del que toma el nombre.

En 1919, tras la Primera Guerra Mundial, la ciudad de Viena se hizo cargo del dañado palacio, y desde entonces es la ciudad de Viena la propietaria del Parque del Palacio de Laxenburg.

A finales de los años 1950 hubo planes de utilizar los parque del Palacio, que se encontraba destrozado tras la Segunda Guerra Mundial en una Exposición Universal, con el fin de revitalizar la zona.

Desde 1975 el Palacio de Laxenburg sirve de sede del International Institute for Applied Systems Analysis, IIASA.

La Academia Internacional contra la Corrupción, una iniciativa conjunta de la Oficina de las Naciones Unidas contra la Droga y el Delito (ONUDD), la República de Austria y la Oficina Europea de Lucha contra el Fraude (OLAF), tiene su sede en Laxenburg.