En genética se denomina ligamiento a la asociación física entre dos loci (esto es, su cercanía en una misma hebra de ADN, lo que repercute en una baja frecuencia de recombinación entre ellos durante la meiosis, y, por tanto, a una mayor probabilidad de herencia conjunta).
[1] Puesto que la frecuencia de recombinación está relacionada con la distancia física entre dos loci o marcadores, es lógico pensar que podría emplearse este parámetro para dilucidar la disposición de estos sobre un cromosoma, definiendo incluso las distancias entre ellos.
[2] Debido a que la recombinación genética entre dos marcadores se detecta solo si hay un número impar de crossovers cromosómicos entre los dos marcadores, la distancia en centimorgans no corresponde exactamente a la probabilidad de recombinación genética.
Sin embargo, cada vez se utiliza más los SNP (de sus siglas en inglés Single Nucleotide Polymorphisms), las cuales son variaciones en un único nucleótido presentes en al menos un 1% de la población.
Estos SNP pueden estar o no en la región codificante del gen, siendo las que se encuentran en la región codificante las que más impacto tienen sobre la función de una proteína, pero todas pueden estar relacionadas con la enfermedad (dichos SNPs asociados dentro de un mismo cromosoma se denominan haplotipo).