El torneo se desarrolló a partidos de visita recíproca por lo que cada club jugó 30 partidos, donde a la postre salió campeón el Veracruz superando por 3 puntos al Atlante.

En este certamen debutaron por invitación al máximo circuito: Monterrey, Tampico y San Sebastián.

[1]​ Los dieciséis participantes disputan el campeonato bajo un sistema de liga, es decir, todos contra todos a visita recíproca; con un criterio de puntuación que otorga dos unidades por victoria, una por empate y cero por derrota.

[2]​ En la temporada 1945-1946 jugaron 16 equipos que se distribuían de la siguiente forma:

Atlante impone récord histórico al anotar 121 goles en un Torneo de Liga.