Fueron 5 temporadas donde no logró pasar de media tabla y donde su mejor posición fue la 6.ª conseguida en las temporadas 1947-1948 y 1948-1949, con 28 puntos en ambas ocasiones.

El equipo descendió a la recién formada Segunda División en 1951 bajo el mando del argentino Marcos Aurelio, convirtiéndose así en el primer equipo descendido en la historia del fútbol mexicano, y el Zacatepec ocuparía su lugar.

Esa temporada, la 1950-51, fue muy desastrosa, tal es el grado que el Club San Sebastián obtuvo en ese torneo la menor cantidad de puntos en un torneo largo en toda la historia del fútbol mexicano.

Este título lo comparte con el Marte, que también conseguiría tan solo 11 puntos en la temporada 1954-55.

La primera fue en 1952 cuando acaricio el ascenso que al final conseuiría La Piedad, y la segunda fue en 1954, pero el Irapuato le ganaría el lugar y solo alcanzarían el subcampeonato de nuevo.