Leonor era una hija del príncipe Rodolfo de Anhalt-Zerbst (1576-1621) de su primer matrimonio con Dorotea Eduviges (1587-1609), hija del duque Enrique Julio de Brunswick-Wolfenbüttel.

La corte ducal en Nordborg tenía escasos recursos financieros y los hijos de Leonor debieron de buscarse una carrera en otro lugar.

[1]​ El teólogo Christoph Wilhelm Megander actuó como su confesor de 1653 en adelante.

Durante el reinado de su hijastro, Juan Bogeslao, el ducado experimentó la bancarrota y el feudo fue terminado por Dinamarca.

[3]​ De su matrimonio Leonor tuvo los siguientes hijos: