La Kalapuya consistía en Las lenguas kalapuyas se relacionan usualmente con las lenguas penutíes, dentro de un subgrupo penutí de Oregón, junto con takelma, siuslaw, y coos.
Se ha propuesto una relación especial con el takelma, formando juntas una familia takelmana.
[1][2] Algunos autores han dado datos que van contra dicha relación,[3] por lo que algunos autores consideran a la familia kalapuya se considera generalmente aparte, aunque abierta a una hipótesis penutí.
El sistema consonántico reconstruido para el proto-kalapuya viene dado por:[4] Donde se ha usado el alfabeto fonético americanista para las africadas /*c, *cʰ/ (=AFI [ʦ, ʦʰ]).
Shipley señala que las lenguas kalapuya presentarían también oclusivas glotalizadas, pero su ocurrencia en las fuentes disponibles aparece tan poco sistemática que no es reconstruible para el proto-kalapuya.