M. Ross (2005) considera a estas lenguas como un grupo filogenético probable sobre la base de los pronombres.

Más recientemente Mandala (2011) sobre una evidencia más amplia que la usada por Ross, establece la siguiente clasificación en dos ramas: Sobre la base de una lista de unos 200 cognados Mandala et al.

(2011) reconstruyen para el proto-fatalaku-makasae el siguiente inventario consonántico: Los sonidos /*h/ y /*y/ son alófonos secundarios que aparecen sólo a nivel del proto-fatalaku-oirata pero no está claro estén presentes en proto-fatalaku-makasae.

M. Ross (2005) reconstruye formas de primera y segunda persona para las lenguas fataluku-makasae (que él denomina proto-Timor-Oriental):[1]​ Los numerales en diferentes lenguas fatalaku-makasai son:[3]​[4]​ Los términos entre paréntesis seguramente son préstamos de alguna lengua austronesia oceánica, compárense las formas del proto-oceánico: *pati~ɸati '4', *lima '5', *onom '6', *pitu~*ɸitu '7' y *śiwa '9'.

Las formas con asterisco postupuesto makasai sólo se usan para contar personas.