Esas lenguas constituyen al menos dos familias y un cierto número de lenguas independientes (ramas aisladas), que se listan a continuación: Es muy posible que la rama trans-neoguineana occidental necesite ser revisada sobre la base de la evidencia futura.
Las lenguas de papúes Timor no parecen formar una familia, aunque en 1941 Arthur Capell propuso que estas lenguas podrían formar una familia.
Sin embargo, las lenguas timoresas orientales (Fatalulu-Makasae sí formarían una familia, como ha demostrado Mandala (2003, 2010, 2011)), aunque claramente el bunak no parece ser parte te desta familia.
Las propuestas más recientes han dividido ambos grupos en unidades filogenéticas más pequeñas, aunque se acepta como posible su parentesco último.
Si bien Wurm, apreció ciertas similitudes entre las lenguas Timor-Alor-Pantar y las lenguas papúes occidentales, las atribuyó a una influencia de substrato y no a un parentesco filogenético cercano entre ellas.