Ross propone que estas lenguas son el remanente de un antiguo continuo geolectal, debido a las numerosas características compartidas, que sin embargo no parecen remontarse a un antecesor común.

Por ello, es posible que la clasificación de este grupo deba ser revisada en el futuro, a pesar de la evidente similitud léxica que presentan.

En la clasificación siguiente las unidades filogenéticas válidas están señaladas en negrita, mientras que las ramas formadas por una sola lengua están en cursiva, mientras que el resto de agrupaciones tentativas van en letra simple: El fataluku presenta una gran diversidad dialectal (por lo que algunos consideran la variedad rusenu como una lengua independiente).

Además la rama makuv'a (lovaea) que en un tiempo se consideró parte del grupo papú de Timor Oriental, parece más bien ser una lengua austronesia con una fuerte influencia papú.

Arthur Capell fue el primero en proponer que las lenguas de Timor formaban una familia lingüística en 1941.