Usualmente se sitúan en el grupo geográfico Timor-Alor-Pantar que no se ha probado constituya una unidad filogenética, dentro de dicho grupo podría las lenguas Alor-Pantar podrían estar más estrechamente relacinadas con las lenguas de Timor occidental que con las lenguas de Timor Oriental, aunque no está del todo claro que así sea.

La clasificación más precisa de Holton es:[1]​ La posición exacta del Kafoa (Jafoo) y el Retta no se especifica, por lo aquí las dejamos como lenguas Alor-Pantar pendientes de clasificación interna.

[3]​ Las relaciones más distantes entre las lenguas Alor-Pantar y al menos algunas (quizá no todas) las lenguas papúes de la vecina Isla de Timor podría justificar el grupo Timor-Alor-Pantar, sin embargo, dicha relación no ha sido probada fuera de toda duda y sólo es conjeturada.

(2012) reconstruyen el siguiente inventario a partir de una amplia lista de cognados y estudiando en profundadidas las correspondencias fonéticas: El fonema *r tiene una distribución restringida, ya que nunca aparece en posición inicial.

Los numerales en diferentes lenguas Alor-Pantar:[4]​ Desde principios del siglo XXI se ha hecho un esfuerzo especial, por documentar adecuadamente estas lenguas y se han llegado a publicar diversas gramáticas y materiales aptos para su estudio: